El Vasco ha dirigido al conjunto navarro, al Atlético de Madrid, al Real Zaragoza, al Espanyol y al Leganés, con el que sufrió su único descenso a Segunda División, hace ahora dos temporadas (2019-20) pese a que estuvo a punto de salvar a un equipo pepinero que hasta su llegada parecía condenado. También ha dirigido en su país a Atlante, Pachuca y al Al-Wahda de los Emiratos Árabes Unidos, además de las selecciones de México, en dos etapas distintas, Japón y Egipto. En sus últimas aventuras Aguirre ha contado en su staff con dos técnicos mallorquines, Toni Amor y Tomeu Llabrés, que podrían acompañarle en su tierra natal si finalmente cristaliza el acuerdo. Aguirre ha paseado su pizarra por Europa —ha participado en Liga de Campeones, Europa League e incluso en la Intertoto— aunque en sus últimas experiencias en la Liga se ha especializado, sobre todo, en el rescate de equipos al borde del precipicio.

Osasuna fue su primer club donde permaneció un total de cuatro temporadas llegando a conseguir una conexión muy sólida con la afición y si bien ya tuvo una etapa como jugador, como técnico destapó el tarro de las esencias. Su primer año sumo 47 puntos, 48 el segundo, 38 el tercero clasificando al equipo para la UEFA tras ser finalista de la Copa del Rey. Su cuarta temporada fue espectacular y dejó al conjunto navarro en cuarta posición con 68 puntos y lo clasificó para la Champions. Ahí acabó su ciclo en El Sadar y dio paso a su etapa en el conjunto rojiblanco. En el banquillo entonces del Manzanares siempre eléctrico y de difícil digestión,    consiguió estar tres temporadas y media. El primer año fue séptimo con 60 puntos. La segunda temporada fue cuarto con 64 puntos y el tercer año estuvo 21 partidos siendo destituido. Como técnico  rojiblanco estuvo entre las temporadas 2006 y 2009. La siguiente experiencia en Primera en España fue en el Zaragoza, donde las cosas no le llegaron a ir bien. El primer año, en 2010 tomó al equipo en la jornada doce siendo colista con siete puntos y acabó salvando la categoría situándolo en decimotercera posición con 45. Objetivo cumplido. Sin embargo, el siguiente año estuvo 17 jornadas y fue destituido tras peder en Copa frente al Alcorcón. En esos momentos el equipo estaba colista en Primera.

Donde guardan un buen recuerdo de Aguirre es en el Espanyol, equipo al que entrenó por espacio de dos temporadas. La primera lo cogió en la jornada 14 con el equipo colista, con nueve puntos. Acabó en decimotercera posición con 44. El segundo año acabó en decimocuarta posición con 42 puntos. De nuevo los objetivos se cumplieron. Posteriormente desapareció de la Liga para entrenar en el extranjero donde tuvo varias etapas en el Al-Wahda de Emiratos árabes, también estuvo como seleccionador de México, Japón y Egipto. Regresó a la Liga la temporada 2019/2020 ya con Toni Amor como segundo. Tomó las riendas del equipo en la jornada 13. El equipo era colista con 5 puntos y acabó la temporada en la posición 18 con 36. Descendió por un punto tras una polémica última jornada. Durante ese curso además le perjudicó gravemente la marcha en momentos clave de Braithwaite y En-Nesyri en el mes de enero. Cuando terminó su etapa en el conjunto madrileño, empezó otra en el Rayados de Monterrey, club del que fue destituido hace pocas semanas. Ahora empezará seguramente una nueva singladura en la Isla con el gran reto de lograr que el Mallorca despierte y que cambie el registro de estas últimas jornadas. Es un entrenador con capacidad para poder hacer que los futbolistas reaccionen, pero no hace milagros y los jugadores tendrán que poner mucho de su parte. Ahora en descenso, empieza una liga de nueve partidos sin margen de error y seguramente con Aguirre a los mandos.